Les premières traces de construction sur cet éperon rocheux datent du début du XIème siècle : on y mentionne en effet un château dit « de Perets » pour défendre le bourg de La Colle Saint Michel.

Le village, lui, fut fondé en 1232, sur ordre du Comte de Provence Raymond Béranger V (1200-1245) pour constituer un point fort plus puissant que l’ancien castrum de La Colle Saint-Michel. Perets, proche de la frontière séparant le Comté de Provence du Comté de Savoie, appartient alors aux Rostang de Thorame, vassaux du Compte de Provence, qui y occupent un château seigneurial.

L’église, de style roman tardif et avec ses pierres plates issues du Grand Coyer tout proche, fut aussi construite en ce XIIIe siècle. Elle fut confiée à des moines bénédictins de saint Dalmas de Pédona, en Italie. Ces moines semblent être restés à Peyresq jusqu’au XVe siècle.

En 1300, l’activité pastorale était déjà bien présente dans le village : deux bergers y gardaient 1140 brebis et 450 agneaux en transhumance hivernale.

Dans le milieu du XIVème siècle, la peste noire faisait rage sur le continent, tuant près d’un européen sur trois. Perets ne fit pas exception, et en 1348 le village fut dépeuplé par l’épidémie. En 1387, la seigneurie de Perets passa aux Villeneuve, et devint alors la seigneurie de Peiresc.